Animate 和 After Effects 均包含很多用于执行复杂的视频和图形合成操作的功能。具体选用哪个应用程序取决于您的个人喜好以及要创建的最终输出类型。

在这两个应用程序中，Animate 更面向于 Web，并且最终文件较小。Animate 还允许对动画进行运行时控制。After Effects 专门面向视频和影片制作，提供了丰富多样的视觉效果，通常用于创建视频文件作为最终输出。

这两个应用程序都可以用来创建原始图形和动画。它们都使用时间轴，并且提供了脚本功能以按编程方式控制动画。After Effects 包含的效果数量更多。

两个应用程序都允许将图形放在单独的图层中以进行合成。可以根据需要打开或关闭这些图层。两个应用程序还允许对各个图层上的内容应用效果。

在 Animate 中，合成不会直接影响视频内容；它们仅影响视频在 Flash Player 中回放时的外观。相比之下，在 After Effects 中使用导入的视频进行合成时，导出的视频文件实际上包含着合成的图形和效果。

由于在 After Effects 中，所有绘制和绘画都是在与导入视频无关的图层上完成的，因此它始终是非破坏性的。Animate 则具有破坏性和非破坏性两种绘制模式。